Le cadre des CSMSS est posé par un arrêté du 29 avril 2025 qui s’accompagne d’un cahier des charges.
Les structures candidates doivent adresser à l’ARS le projet de santé prévu pour les centres de santé, accompagné d’un règlement de fonctionnement ad hoc.

En application de l'article L. 6323-1-14-1 du code de la santé publique, les centres de santé et de médiation en santé sexuelle contribuent à :
- la prévention, le dépistage et le diagnostic de l'infection par les virus de l'immunodéficience humaine et des hépatites virales ainsi que l'accompagnement dans la recherche de soins appropriés ;
- la prévention, le dépistage, le diagnostic et le traitement ambulatoire des infections sexuellement transmissibles ;
- la prévention des autres risques liés à la sexualité dans une approche globale de santé sexuelle, notamment par la prescription de contraception ;
- l'organisation des parcours de santé sexuelle, notamment par la prise en charge infectiologique, gynécologique, endocrinologique, addictologique, psychologique et sociale des patients.

Le CSMSS comporte au minimum :
- deux médecins ;
- un infirmier ;
- un secrétaire ;
- un médiateur communautaire et/ou sanitaire ou équivalent en charge de l'accompagnement communautaire des patients ;
- un travailleur social dont le temps de travail est adapté aux besoins, notamment dans le cadre de partenariat formalisé avec d'autres structures ;
- un professionnel de santé mentale (psychologue ou psychiatre), dont le temps de travail est adapté aux besoins, notamment dans le cadre de partenariat formalisé avec d'autres structures.